added to_hash method and hash_filter coderef to new constructor to filter
[Biblio-Isis] / IsisDB.pm
index b2bd43f..c5c6220 100644 (file)
--- a/IsisDB.pm
+++ b/IsisDB.pm
@@ -7,7 +7,7 @@ use Data::Dumper;
 BEGIN {
        use Exporter ();
        use vars qw ($VERSION @ISA @EXPORT @EXPORT_OK %EXPORT_TAGS);
-       $VERSION     = 0.01;
+       $VERSION     = 0.04;
        @ISA         = qw (Exporter);
        #Give a hoot don't pollute, do not export more than needed by default
        @EXPORT      = qw ();
@@ -22,16 +22,29 @@ IsisDB - Read CDS/ISIS database
 
 =head1 SYNOPSIS
 
-  use IsisDB
+  use IsisDB;
+
   my $isis = new IsisDB(
        isisdb => './cds/cds',
   );
 
+  for(my $mfn = 1; $mfn <= $isis->{'maxmfn'}; $mfn++) {
+       print $isis->to_ascii($mfn),"\n";
+  }
+
 =head1 DESCRIPTION
 
 This module will read CDS/ISIS databases and create hash values out of it.
 It can be used as perl-only alternative to OpenIsis module.
 
+This will module will always be slower that OpenIsis module which use C
+library. However, since it's written in perl, it's platform independent (so
+you don't need C compiler), and can be easily modified.
+
+Unique feature of this module is ability to C<include_deleted> records.
+It will also skip zero sized fields (OpenIsis has a bug in XS bindings, so
+fields which are zero sized will be filled with random junk from memory).
+
 =head1 METHODS
 
 =cut
@@ -50,14 +63,6 @@ It can be used as perl-only alternative to OpenIsis module.
 # some binary reads
 #
 
-sub Read32 {
-       my $self = shift;
-
-       my $f = shift || die "Read32 needs file handle";
-       read($$f,$b,4) || die "can't read 4 bytes from $$f from position ".tell($f);
-       return unpack("l",$b);
-}
-
 =head2 new
 
 Open CDS/ISIS database
@@ -65,6 +70,11 @@ Open CDS/ISIS database
  my $isis = new IsisDB(
        isisdb => './cds/cds',
        read_fdt => 1,
+       include_deleted => 1,
+       hash_filter => sub {
+               my $v = shift;
+               $v =~ s#foo#bar#g;
+       },
        debug => 1,
  );
 
@@ -82,9 +92,17 @@ and common prefix of C<.FDT>, C<.MST>, C<.CNT>, C<.XRF> and C<.MST> files.
 Boolean flag to specify if field definition table should be read. It's off
 by default.
 
+=item include_deleted
+
+Don't skip logically deleted records in ISIS.
+
+=item hash_filter
+
+Filter code ref which will be used before data is converted to hash.
+
 =item debug
 
-Dump a C<lot> of debugging output.
+Dump a B<lot> of debugging output.
 
 =back
 
@@ -97,9 +115,11 @@ sub new {
        my $self = {};
        bless($self, $class);
 
-       $self->{isisdb} = {@_}->{isisdb} || croak "new needs database name as argument!";
+       croak "new needs database name (isisdb) as argument!" unless ({@_}->{isisdb});
 
-       $self->{debug} = {@_}->{debug};
+       foreach my $v (qw{isisdb debug include_deleted hash_filter}) {
+               $self->{$v} = {@_}->{$v};
+       }
 
        # if you want to read .FDT file use read_fdt argument when creating class!
        if ({@_}->{read_fdt} && -e $self->{isisdb}.".FDT") {
@@ -140,7 +160,11 @@ sub new {
        # NXTMFP        offset to next available position in last block
        # MFTYPE        always 0 for user db file (1 for system)
        seek(fileMST,4,0);
-       $self->{'NXTMFN'}=$self->Read32(\*fileMST) || carp "NXTNFN is zero";
+
+       my $buff;
+
+       read(fileMST, $buff, 4);
+       $self->{'NXTMFN'}=unpack("l",$buff) || carp "NXTNFN is zero";
 
        # save maximum MFN
        $self->{'maxmfn'} = $self->{'NXTMFN'} - 1;
@@ -173,13 +197,14 @@ sub new {
                my $buff = shift || return;
                my @arr = unpack("ssssssllls", $buff);
 
+               print "unpack_cnt: ",join(" ",@arr),"\n" if ($self->{'debug'});
+
                my $IDTYPE = shift @arr;
                foreach (@flds) {
                        $self->{$IDTYPE}->{$_} = abs(shift @arr);
                }
        }
 
-       my $buff;
        read(fileCNT, $buff, 26);
        $self->unpack_cnt($buff);
 
@@ -191,37 +216,43 @@ sub new {
 
        print Dumper($self) if ($self->{debug});
 
+       # open files for later
+       open($self->{'fileXRF'}, $self->{isisdb}.".XRF") || croak "can't open '$self->{isisdb}.XRF': $!";
+
+       open($self->{'fileMST'}, $self->{isisdb}.".MST") || croak "can't open '$self->{isisdb}.MST': $!";
+
        $self ? return $self : return undef;
 }
 
-=head2 GetMFN
+=head2 fetch
 
 Read record with selected MFN
 
-  my $rec = $isis->GetMFN(55);
+  my $rec = $isis->fetch(55);
 
 Returns hash with keys which are field names and values are unpacked values
-for that field.
+for that field (like C<^asometing^bsomething else>)
 
 =cut
 
-sub GetMFN {
+sub fetch {
        my $self = shift;
 
-       my $mfn = shift || croak "GetMFN needs MFN as argument!";
+       my $mfn = shift || croak "fetch needs MFN as argument!";
 
-       print "GetMFN: $mfn\n" if ($self->{debug});
-
-       open(fileXRF, $self->{isisdb}.".XRF") || croak "can't open '$self->{isisdb}.XRF': $!";
+       print "fetch: $mfn\n" if ($self->{debug});
 
        # XXX check this?
        my $mfnpos=($mfn+int(($mfn-1)/127))*4;
 
        print "seeking to $mfnpos in file '$self->{isisdb}.XRF'\n" if ($self->{debug});
-       seek(fileXRF,$mfnpos,0);
+       seek($self->{'fileXRF'},$mfnpos,0);
+
+       my $buff;
 
        # read XRFMFB abd XRFMFP
-       my $pointer=$self->Read32(\*fileXRF);
+       read($self->{'fileXRF'}, $buff, 4);
+       my $pointer=unpack("l",$buff) || carp "pointer is null";
 
        my $XRFMFB = int($pointer/2048);
        my $XRFMFP = $pointer - ($XRFMFB*2048);
@@ -242,15 +273,12 @@ sub GetMFN {
 
        print "$offset - $offset2 - $offset3 - $offset4\n" if ($self->{debug});
 
-       close(fileXRF);
-
        # Get Record Information
 
-       open(fileMST, $self->{isisdb}.".MST") || croak "can't open '$self->{isisdb}.MST': $!";
-
-       seek(fileMST,$offset4,0);
+       seek($self->{'fileMST'},$offset4,0);
 
-       my $value=$self->Read32(\*fileMST);
+       read($self->{'fileMST'}, $buff, 4);
+       my $value=unpack("l",$buff);
 
        if ($value!=$mfn) {
 print ("Error: The MFN:".$mfn." is not found in MST(".$value.")");    
@@ -264,27 +292,37 @@ print ("Error: The MFN:".$mfn." is not found in MST(".$value.")");
 #      $NVF=$self->Read16($fileMST);
 #      $STATUS=$self->Read16($fileMST);
 
-       my $buff;
-       read(fileMST, $buff, 14);
+       read($self->{'fileMST'}, $buff, 14);
 
        my ($MFRL,$MFBWB,$MFBWP,$BASE,$NVF,$STATUS) = unpack("slssss", $buff);
 
        print "MFRL: $MFRL MFBWB: $MFBWB MFBWP: $MFBWP BASE: $BASE NVF: $NVF STATUS: $STATUS\n" if ($self->{debug});
 
+       # delete old record
+       delete $self->{record};
+
+       if (! $self->{'include_deleted'} && $MFRL < 0) {
+               print "## logically deleted record $mfn, skipping...\n" if ($self->{debug});
+               return;
+       }
+
        # Get Directory Format
 
        my @FieldPOS;
        my @FieldLEN;
        my @FieldTAG;
 
+       read($self->{'fileMST'}, $buff, 6 * $NVF);
+
+       my $fld_len = 0;
+
        for (my $i = 0 ; $i < $NVF ; $i++) {
 
 #              $TAG=$self->Read16($fileMST);
 #              $POS=$self->Read16($fileMST);
 #              $LEN=$self->Read16($fileMST);
 
-               read(fileMST, $buff, 6);
-               my ($TAG,$POS,$LEN) = unpack("sss", $buff);
+               my ($TAG,$POS,$LEN) = unpack("sss", substr($buff,$i * 6, 6));
 
                print "TAG: $TAG POS: $POS LEN: $LEN\n" if ($self->{debug});
 
@@ -301,23 +339,21 @@ print ("Error: The MFN:".$mfn." is not found in MST(".$value.")");
                push @FieldTAG,$TAG;
                push @FieldPOS,$POS;
                push @FieldLEN,$LEN;
+
+               $fld_len += $LEN;
        }
 
        # Get Variable Fields
 
-       delete $self->{record};
+       read($self->{'fileMST'},$buff,$fld_len);
 
        for (my $i = 0 ; $i < $NVF ; $i++) {
-               my $rec;
-               read(fileMST,$rec,$FieldLEN[$i]);
-               push @{$self->{record}->{$FieldTAG[$i]}}, $rec;
-       }
-       close(fileMST);
+               # skip zero-sized fields
+               next if ($FieldLEN[$i] == 0);
 
-       # The record is marked for deletion
-       if ($STATUS==1) {
-               return -1;
+               push @{$self->{record}->{$FieldTAG[$i]}}, substr($buff,$FieldPOS[$i],$FieldLEN[$i]);
        }
+       close(fileMST);
 
        print Dumper($self) if ($self->{debug});
 
@@ -337,7 +373,7 @@ sub to_ascii {
 
        my $mfn = shift || croak "need MFN";
 
-       my $rec = $self->GetMFN($mfn);
+       my $rec = $self->fetch($mfn);
 
        my $out = "0\t$mfn";
 
@@ -350,265 +386,69 @@ sub to_ascii {
        return $out;
 }
 
-################# old cruft which is not ported from php to perl
-
-=begin php
-
-  # Load the dictionary from the $db.L0x files.
-  # Not usefull Yet
-  
-  sub LoadDictionary()
-  {
-    $fileL01=fopen($self->{isisdb}.".L01","r");
-    rewind($fileL01);  
-
-    do
-    {
-
-      $POS=$self->Read32($fileL01);
-      $OCK=$self->Read16($fileL01);
-      $IT=$self->Read16($fileL01);
-      $PS=$self->Read32($fileL01);
-print "<br>PS:".$PS." ".$self->{ORDF}->{1}." ";
-      for ($i=0;$i<$OCK;$i++)
-      {
-        $KEY=fread($fileL01,10);
-       
-        print $KEY." ### ";
-
-        $INFO1=$self->Read32($fileL01);
-        $INFO2=$self->Read32($fileL01);
-
-        #L01Key->{$key}=array($INFO1,$INFO2);
-      }
-    
-      rewind($fileL01);
-      $offset=($PS-1)*(12+$self->{ORDF}->{1}*18*2);
-      fseek($fileL01,$offset);
-
-    } While (!feof($fileL01));
-
-    fclose($fileL01);
-  }
+=head2 to_hash
 
-  # self function search through the tree and returns an array of pointers to IFP
-  # The function must be recursive
-
-  sub SearchTree($search,$fileNB,$PUNT)
-  {       
-      $offset=(($PUNT-1)*(8+2*$self->{ORDN}->{1}*14)); 
-
-        rewind($fileNB1); 
-
-        fseek($fileNB,$offset);
-        $POS=$self->Read32($fileNB);
-        $OCK=$self->Read16($fileNB);
-        $IT=$self->Read16($fileNB);
-
-#print "<br>".$POS." - ".$OCK." - ".$IT;
-
-        $OLDPUNT=$POS;
-        $j=0;
-        for ($i=0;$i<$OCK;$i++)
-        {
-          $KEY=fread($fileNB,10);
-       
-          $PUNT=$self->Read32($fileNB);
-
-#print " ## ".chop($KEY)."(".$PUNT."-".$OLDPUNT.") ## "; 
-
-          If (strcmp($search,chop($KEY))<0)
-          {
-            break;
-          }
-          $OLDPUNT=$PUNT;   
-        }        
-#print $OLDPUNT; 
-        Return $OLDPUNT;
-  }
+Read mfn and convert it to hash
 
-  # Search ISIS for record containing search
-  # Return a sorted array of MFN
+  my $hash = $isis->to_hash($mfn);
 
-  sub Search($search)
-  {
+It has ability to convert characters (using C<hash_filter> from ISIS
+database before creating structures enabling character remapping or quick
+fixup of data.
 
-  $search=strtoupper($search);
-#print "Searching....".$search." - ".$self->{POSRX}->{1}."<br>";
-    # first search .x01
-    
-
-    # Search in .N01  
-
-
-    $fileN01=fopen($self->{isisdb}.".N01","r");
-    $offset=(($self->{POSRX}->{1}-1)*(8+2*$self->{ORDN}->{1}*14));
-
-      do
-      {
-        rewind($fileN01); 
-
-        fseek($fileN01,$offset);
-        $POS=$self->Read32($fileN01);
-        $OCK=$self->Read16($fileN01);
-        $IT=$self->Read16($fileN01);
-
-#print "<br>".$POS." - ".$OCK." - ".$IT;
-
-        $OLDPUNT=$POS;
-        for ($i=0;$i<$OCK;$i++)
-        {
-          $KEY=fread($fileN01,10);
-       
-          $PUNT=$self->Read32($fileN01);
-
-#print " ## ".chop($KEY)."(".$PUNT."-".$OLDPUNT.") ## "; 
-
-          If (strcmp($search,chop($KEY))<0)
-          {
-            break;
-          }
-          $OLDPUNT=$PUNT;   
-        }
-        $offset=(($OLDPUNT-1)*(8+2*$self->{ORDN}->{1}*14));      
-      } while ($OLDPUNT>0);
-#print $OLDPUNT; 
-
-
-    fclose($fileN01);
-
-    # Now look for records in .L01 file
-    $fileL01=fopen($self->{isisdb}.".L01","r");
-    rewind($fileL01);
-
-    $offset=(-$OLDPUNT-1)*(12+$self->{ORDF}->{1}*18*2);
-    fseek($fileL01,$offset);
-
-    $POS=$self->Read32($fileL01);
-    $OCK=$self->Read16($fileL01);
-    $IT=$self->Read16($fileL01);
-    $PS=$self->Read32($fileL01);
-#print "<br>POS:".$POS." ".$self->{ORDF}->{1}." ";
-    for ($i=0;$i<$OCK;$i++)
-    {
-      $KEY=fread($fileL01,10);
-       
-#print $KEY." ### ";
-
-      $INFO1=$self->Read32($fileL01);
-      $INFO2=$self->Read32($fileL01);
-
-      If (strcmp($search,chop($KEY))==0)
-      {
-        break;
-      }
-    }    
-
-    fclose($fileL01);
-
-#print $INFO1."--".$INFO2;
-
-    # Now look in .IFP for the MFN
-    $fileIFP=fopen($self->{isisdb}.".IFP","r");
-    rewind($fileIFP);
-    $offset=($INFO1-1)*512+($INFO2*4);
-    fseek($fileIFP,$offset);   
-    $IFPBLK=$self->Read32($fileIFP);
-
-    $IFPNXTB=$self->Read32($fileIFP);
-    $IFPNXTP=$self->Read32($fileIFP);
-    $IFPTOTP=$self->Read32($fileIFP);
-    $IFPSEGP=$self->Read32($fileIFP);
-    $IFPSEGC=$self->Read32($fileIFP);
-
-
-#print "<br>IFP:".$IFPBLK." # ".$IFPNXTB." - ".$IFPNXTP." - ".$IFPTOTP." - ".$IFPSEGP." - ".$IFPSEGC;
-
-    rewind($fileIFP);
-    $offset=($INFO1-1)*512+24+($INFO2*4);
-    fseek($fileIFP,$offset);    
-    
-    $j=24+($INFO2*4);
-    $k=0;
-    $l=1;
-    $OLDPMFN="";
-    for ($i=0;$i<$IFPSEGP;$i++)
-    {
-      $B1=$self->Read8($fileIFP);
-      $B2=$self->Read8($fileIFP);
-      $B3=$self->Read8($fileIFP);
-      $B4=$self->Read8($fileIFP);
-      $B5=$self->Read8($fileIFP);
-      $B6=$self->Read8($fileIFP);
-      $B7=$self->Read8($fileIFP);
-      $B8=$self->Read8($fileIFP);
-
-      $PMFN=$B1*65536+$B2*256+$B3;
-      $PTAG=$B4*256+$B5;
-      $POCC=$B6;
-      $PCNT=$B7*256+$B8;
-
-      if ($OLDPMFN!=$PMFN)
-      {
-        if ($PMFN!=0)
-        {
-          $self->{MFNArray}->{$l}=$PMFN;
-          $OLDPMFN=$PMFN;
-          $l+=1;
-        }
-      }
-
-      $j=$j+8;
-#print "<br>".$PMFN."-".$PTAG." - ".$POCC." - ".$PCNT;
-#print "@@".$j."@@@@";
-      if ($j>=504)
-      {
-        if ($IFPNXTB==0 && $IFPNXTP==0)
-        {
-          $k=$k+1;
-          rewind($fileIFP);
-          $offset=($INFO1-1+$k)*512;  
-          fseek($fileIFP,$offset);      
-          $B=$self->Read32($fileIFP);
-#print "<br>-".$B."-<br>";
-          $j=0;
-        } else
-        {
-          rewind($fileIFP);
-          $offset=($IFPNXTB-1)*512;  
-          fseek($fileIFP,$offset);
-
-         $OLDIFPNXTB=$IFPNXTB;
-         $OLDIFPNXTP=$IFPNXTP;
-
-          $IFPBLK=$self->Read32($fileIFP);
-
-          $IFPNXTB=$self->Read32($fileIFP);
-          $IFPNXTP=$self->Read32($fileIFP);
-          $IFPTOTP=$self->Read32($fileIFP);
-          $IFPSEGP=$self->Read32($fileIFP);
-          $IFPSEGC=$self->Read32($fileIFP);
-
-          rewind($fileIFP);
-          $offset=($OLDIFPNXTB-1)*512+24+($OLDIFPNXTP*4);
-          fseek($fileIFP,$offset);    
-    
-          $j=24+($OLDIFPNXTP*4);
-          $k=0;
-          $j=0;
-        }
-      }
-
-    }    
-    fclose($fileIFP);
-    return $l-1;
-  }
+This function returns hash which is like this:
+
+  $hash = {
+    '210' => [
+               {
+                 'c' => 'New York University press',
+                 'a' => 'New York',
+                 'd' => 'cop. 1988'
+               }
+             ],
+    '990' => [
+               '2140',
+               '88',
+               'HAY'
+             ],
+  };
+
+You can later use that has to produce any output from ISIS data.
 
 =cut
 
+sub to_hash {
+       my $self = shift;
+
+       my $mfn = shift || confess "need mfn!";
+
+       my $rec;
+       my $row = $self->fetch($mfn);
+
+       foreach my $k (keys %{$row}) {
+               foreach my $l (@{$row->{$k}}) {
+
+                       # filter output
+                       $l = $self->{'hash_filter'}->($l) if ($self->{'hash_filter'});
+
+                       # has subfields?
+                       my $val;
+                       if ($l =~ m/\^/) {
+                               foreach my $t (split(/\^/,$l)) {
+                                       next if (! $t);
+                                       $val->{substr($t,0,1)} = substr($t,1);
+                               }
+                       } else {
+                               $val = $l;
+                       }
+
+                       push @{$rec->{$k}}, $val;
+               }
+       }
+
+       return $rec;
+}
+
 #
 # XXX porting from php left-over:
 #
@@ -618,110 +458,17 @@ print "<br>PS:".$PS." ".$self->{ORDF}->{1}." ";
 # Probably direct usage is better!
 #
 
-sub GetFieldName {
-       my $self = shift;
-       return $self->{FieldName};
-}
-
-sub GetTagName {
+sub TagName {
        my $self = shift;
        return $self->{TagName};
 }
 
-sub GetFieldTag {
-       my $self = shift;
-       return $self->{FieldTAG};
-}
-
-sub GetNextMFN {
+sub NextMFN {
        my $self = shift;
        return $self->{NXTMFN};
 }
 
-sub GetMFNArray {
-       my $self = shift;
-       return $self->{MFNArray};
-}
-=begin php
-
-  sub Read32($fileNB)
-  {
-    $B1=ord(fread($fileNB,1));
-    $B2=ord(fread($fileNB,1));
-    $B3=ord(fread($fileNB,1));
-    $B4=ord(fread($fileNB,1));
-
-    if ($B4<=128)
-    {
-      $value=$B1+$B2*256+$B3*65536+$B4*16777216;
-    } else
-    {
-      $value=$self->Not8($B1)+$self->Not8($B2)*256+$self->Not8($B3)*65536+$self->Not8($B4)*16777216;
-      $value=-($value+1);
-    }
-#    print "(".$B1.",".$B2.",".$B3.",".$B4.":".$value.")";
-
-    return $value;   
-  }
-
-  sub Read24($fileNB)
-  {
-    $B1=ord(fread($fileNB,1));
-    $B2=ord(fread($fileNB,1));
-    $B3=ord(fread($fileNB,1));
-
-    $value=$B1+$B2*256+$B3*65536;
-
-#    print "(".$B1.",".$B2.",".$B3.":".$value.")";
-
-    return $value;   
-  }
-
-  sub Read16($fileNB)
-  {
-    $B1=ord(fread($fileNB,1));
-    $B2=ord(fread($fileNB,1));
-
-    $value=$B1+$B2*256;
-#    print "(".$B1.",".$B2.":".$value.")";
-
-    return $value;  
-  }
-
-  sub Read8($fileNB)
-  {
-    $B1=ord(fread($fileNB,1));
-
-    $value=$B1;
-#    print "(".$value.")";
-
-    return $value;  
-  }
-
-  sub Not8($value)
-  { 
-    $value=decbin($value);
-    if (strlen($value)<8)
-    {
-      $buffer="";
-      for($i=0;$i<(8-strlen($value));$i++)
-      {
-        $buffer.="0";
-      }
-      $value=$buffer.$value;
-    }
-    $value=ereg_replace("0","3",$value);
-    $value=ereg_replace("1","0",$value);
-    $value=ereg_replace("3","1",$value); 
-    $value=bindec($value);
-    return $value;
-  }
-}
-
-=cut
-
 1;
-__END__
 
 =head1 BUGS