get validation_errors
[webpac2] / run.pl
1 #!/usr/bin/perl -w
2
3 use strict;
4
5 use Cwd qw/abs_path/;
6 use File::Temp qw/tempdir/;
7 use lib './lib';
8
9 use WebPAC::Common 0.02;
10 use WebPAC::Lookup 0.03;
11 use WebPAC::Input 0.11;
12 use WebPAC::Store 0.03;
13 use WebPAC::Normalize 0.11;
14 use WebPAC::Output::TT;
15 use WebPAC::Validate 0.06;
16 use WebPAC::Output::MARC;
17 use YAML qw/LoadFile/;
18 use Getopt::Long;
19 use File::Path;
20 use Time::HiRes qw/time/;
21 use File::Slurp;
22 use Data::Dump qw/dump/;
23 use Storable qw/dclone/;
24
25 use Proc::Queue size => 1;
26 use POSIX ":sys_wait_h"; # imports WNOHANG
27
28 =head1 NAME
29
30 run.pl - start WebPAC indexing
31
32 B<this command will probably go away. Don't get used to it!>
33
34 Options:
35
36 =over 4
37
38 =item --offset 42
39
40 start loading (all) databases at offset 42
41
42 =item --limit 100
43
44 limit loading to 100 records
45
46 =item --clean
47
48 remove database and Hyper Estraier index before indexing
49
50 =item --only=database_name/input_filter
51
52 reindex just single database (legacy name is --one)
53
54 C</input_filter> is optional part which can be C<name>
55 or C<type> from input
56
57 =item --config conf/config.yml
58
59 path to YAML configuration file
60
61 =item --stats
62
63 disable indexing, modify_* in configuration and dump statistics about field
64 and subfield usage for each input
65
66 =item --validate path/to/validation_file
67
68 turn on extra validation of imput records, see L<WebPAC::Validation>
69
70 =item --marc-normalize conf/normalize/mapping.pl
71
72 This option specifies normalisation file for MARC creation
73
74 =item --marc-output out/marc/test.marc
75
76 Optional path to output file
77
78 =item --marc-lint
79
80 By default turned on if C<--marc-normalize> is used. You can disable lint
81 messages with C<--no-marc-lint>.
82
83 =item --marc-dump
84
85 Force dump or input and marc record for debugging.
86
87 =item --parallel 4
88
89 Run databases in parallel (aproximatly same as number of processors in
90 machine if you want to use full load)
91
92 =item --only-links
93
94 Create just links
95
96 =item --merge
97
98 Create merged index of databases which have links
99
100 =back
101
102 =cut
103
104 my $offset;
105 my $limit;
106
107 my $clean = 0;
108 my $config = 'conf/config.yml';
109 my $debug = 0;
110 my $only_filter;
111 my $stats = 0;
112 my $validate_path;
113 my ($marc_normalize, $marc_output);
114 my $marc_lint = 1;
115 my $marc_dump = 0;
116 my $parallel = 0;
117 my $only_links = 0;
118 my $merge = 0;
119
120 my $log = _new WebPAC::Common()->_get_logger();
121
122 my $hostname = `hostname`;
123 chomp($hostname);
124 $hostname =~ s/\..+$//;
125 if (-e "conf/$hostname.yml") {
126         $config = "conf/$hostname.yml";
127         $log->info("using host configuration file: $config");
128 }
129
130 GetOptions(
131         "limit=i" => \$limit,
132         "offset=i" => \$offset,
133         "clean" => \$clean,
134         "one=s" => \$only_filter,
135         "only=s" => \$only_filter,
136         "config" => \$config,
137         "debug+" => \$debug,
138         "stats" => \$stats,
139         "validate=s" => \$validate_path,
140         "marc-normalize=s" => \$marc_normalize,
141         "marc-output=s" => \$marc_output,
142         "marc-lint!" => \$marc_lint,
143         "marc-dump!" => \$marc_dump,
144         "parallel=i" => \$parallel,
145         "only-links!" => \$only_links,
146         "merge" => \$merge,
147 );
148
149 $config = LoadFile($config);
150
151 #print "config = ",dump($config) if ($debug);
152
153 die "no databases in config file!\n" unless ($config->{databases});
154
155 $log->info( "-" x 79 );
156
157
158 my $estcmd_fh;
159 my $estcmd_path = './estcmd-merge.sh';
160 if ($merge) {
161         open($estcmd_fh, '>', $estcmd_path) || $log->logdie("can't open $estcmd_path: $!");
162         print $estcmd_fh 'cd /data/estraier/_node/ || exit 1',$/;
163         print $estcmd_fh 'sudo /etc/init.d/hyperestraier stop',$/;
164         $log->info("created merge batch file $estcmd_path");
165 }
166
167
168 my $validate;
169 $validate = new WebPAC::Validate(
170         path => $validate_path,
171 ) if ($validate_path);
172
173
174 my $use_indexer = $config->{use_indexer} || 'hyperestraier';
175 if ($stats) {
176         $log->debug("option --stats disables update of indexing engine...");
177         $use_indexer = undef;
178 } else {
179         $log->info("using $use_indexer indexing engine...");
180 }
181
182 # disable indexing when creating marc
183 $use_indexer = undef if ($marc_normalize);
184
185 my $total_rows = 0;
186 my $start_t = time();
187
188 my @links;
189
190 if ($parallel) {
191         $log->info("Using $parallel processes for speedup");
192         Proc::Queue::size($parallel);
193 }
194
195 while (my ($database, $db_config) = each %{ $config->{databases} }) {
196
197         my ($only_database,$only_input) = split(m#/#, $only_filter) if ($only_filter);
198         next if ($only_database && $database !~ m/$only_database/i);
199
200         if ($parallel) {
201                 my $f=fork;
202                 if(defined ($f) and $f==0) {
203                         $log->info("Created processes $$ for speedup");
204                 } else {
205                         next;
206                 }
207         }
208
209         my $indexer;
210         if ($use_indexer) {
211
212                 my $cfg_name = $use_indexer;
213                 $cfg_name =~ s/\-.*$//;
214
215                 my $indexer_config = $config->{$cfg_name} || $log->logdie("can't find '$cfg_name' part in confguration");
216                 $indexer_config->{database} = $database;
217                 $indexer_config->{clean} = $clean;
218                 $indexer_config->{label} = $db_config->{name};
219
220                 # force clean if database has links
221                 $indexer_config->{clean} = 1 if ($db_config->{links});
222
223                 if ($use_indexer eq 'hyperestraier') {
224
225                         # open Hyper Estraier database
226                         use WebPAC::Output::Estraier '0.10';
227                         $indexer = new WebPAC::Output::Estraier( %{ $indexer_config } );
228                 
229                 } elsif ($use_indexer eq 'hyperestraier-native') {
230
231                         # open Hyper Estraier database
232                         use WebPAC::Output::EstraierNative;
233                         $indexer = new WebPAC::Output::EstraierNative( %{ $indexer_config } );
234
235                         $use_indexer = 'hyperestraier';
236
237                 } elsif ($use_indexer eq 'kinosearch') {
238
239                         # open KinoSearch
240                         use WebPAC::Output::KinoSearch;
241                         $indexer_config->{clean} = 1 unless (-e $indexer_config->{index_path});
242                         $indexer = new WebPAC::Output::KinoSearch( %{ $indexer_config } );
243
244                 } else {
245                         $log->logdie("unknown use_indexer: $use_indexer");
246                 }
247
248                 $log->logide("can't continue without valid indexer") unless ($indexer);
249         }
250
251
252         #
253         # store Hyper Estraier links to other databases
254         #
255         if (ref($db_config->{links}) eq 'ARRAY' && $use_indexer) {
256                 foreach my $link (@{ $db_config->{links} }) {
257                         if ($use_indexer eq 'hyperestraier') {
258                                 if ($merge) {
259                                         print $estcmd_fh 'sudo -u www-data estcmd merge ' . $database . ' ' . $link->{to},$/;
260                                 } else {
261                                         $log->info("saving link $database -> $link->{to} [$link->{credit}]");
262                                         push @links, sub {
263                                                 $log->info("adding link $database -> $link->{to} [$link->{credit}]");
264                                                 $indexer->add_link(
265                                                         from => $database,
266                                                         to => $link->{to},
267                                                         credit => $link->{credit},
268                                                 );
269                                         };
270                                 }
271                         } else {
272                                 $log->warn("NOT IMPLEMENTED WITH $use_indexer: adding link $database -> $link->{to} [$link->{credit}]");
273                         }
274                 }
275         }
276         next if ($only_links);
277
278
279         #
280         # now WebPAC::Store
281         #
282         my $abs_path = abs_path($0);
283         $abs_path =~ s#/[^/]*$#/#;
284
285         my $db_path = $config->{webpac}->{db_path} . '/' . $database;
286
287         if ($clean) {
288                 $log->info("creating new database '$database' in $db_path");
289                 rmtree( $db_path ) || $log->warn("can't remove $db_path: $!");
290         } else {
291                 $log->info("working on database '$database' in $db_path");
292         }
293
294         my $db = new WebPAC::Store(
295                 path => $db_path,
296                 database => $database,
297                 debug => $debug,
298         );
299
300
301         #
302         # now, iterate through input formats
303         #
304
305         my @inputs;
306         if (ref($db_config->{input}) eq 'ARRAY') {
307                 @inputs = @{ $db_config->{input} };
308         } elsif ($db_config->{input}) {
309                 push @inputs, $db_config->{input};
310         } else {
311                 $log->info("database $database doesn't have inputs defined");
312         }
313
314         my @supported_inputs = keys %{ $config->{webpac}->{inputs} };
315
316         foreach my $input (@inputs) {
317
318                 next if ($only_input && ($input->{name} !~ m#$only_input#i && $input->{type} !~ m#$only_input#i));
319
320                 my $type = lc($input->{type});
321
322                 die "I know only how to handle input types ", join(",", @supported_inputs), " not '$type'!\n" unless (grep(/$type/, @supported_inputs));
323
324                 my $lookup;
325                 if ($input->{lookup}) {
326                         $lookup = new WebPAC::Lookup(
327                                 lookup_file => $input->{lookup},
328                         );
329                         delete( $input->{lookup} );
330                 }
331
332                 my $input_module = $config->{webpac}->{inputs}->{$type};
333
334                 $log->info("working on input '$input->{name}' in $input->{path} [type: $input->{type}] using $input_module",
335                         $input->{lookup} ? "lookup '$input->{lookup}'" : ""
336                 );
337
338                 if ($stats) {
339                         # disable modification of records if --stats is in use
340                         delete($input->{modify_records});
341                         delete($input->{modify_file});
342                 }
343
344                 my $input_db = new WebPAC::Input(
345                         module => $input_module,
346                         encoding => $config->{webpac}->{webpac_encoding},
347                         limit => $limit || $input->{limit},
348                         offset => $offset,
349                         lookup_coderef => sub {
350                                 my $rec = shift || return;
351                                 $lookup->add( $rec );
352                         },
353                         recode => $input->{recode},
354                         stats => $stats,
355                         modify_records => $input->{modify_records},
356                         modify_file => $input->{modify_file},
357                 );
358                 $log->logdie("can't create input using $input_module") unless ($input);
359
360                 my $maxmfn = $input_db->open(
361                         path => $input->{path},
362                         code_page => $input->{encoding},        # database encoding
363                         %{ $input },
364                 );
365
366                 my @norm_array = ref($input->{normalize}) eq 'ARRAY' ?
367                         @{ $input->{normalize} } : ( $input->{normalize} );
368
369                 if ($marc_normalize) {
370                         @norm_array = ( {
371                                 path => $marc_normalize,
372                                 output => $marc_output || 'out/marc/' . $database . '-' . $input->{name} . '.marc',
373                         } );
374                 }
375
376                 foreach my $normalize (@norm_array) {
377
378                         my $normalize_path = $normalize->{path} || $log->logdie("can't find normalize path in config");
379
380                         $log->logdie("Found '$normalize_path' as normalization file which isn't supported any more!") unless ( $normalize_path =~ m!\.pl$!i );
381
382                         my $rules = read_file( $normalize_path ) or die "can't open $normalize_path: $!";
383
384                         $log->info("Using $normalize_path for normalization...");
385
386                         my $marc = new WebPAC::Output::MARC(
387                                 path => $normalize->{output},
388                                 lint => $marc_lint,
389                                 dump => $marc_dump,
390                         ) if ($normalize->{output});
391
392                         # reset position in database
393                         $input_db->seek(1);
394
395                         foreach my $pos ( 0 ... $input_db->size ) {
396
397                                 my $row = $input_db->fetch || next;
398
399                                 my $mfn = $row->{'000'}->[0];
400
401                                 if (! $mfn || $mfn !~ m#^\d+$#) {
402                                         $log->warn("record $pos doesn't have valid MFN but '$mfn', using $pos");
403                                         $mfn = $pos;
404                                         push @{ $row->{'000'} }, $pos;
405                                 }
406
407
408                                 if ($validate) {
409                                         if ( my $errors = $validate->validate_errors( $row, $input_db->dump ) ) {
410                                                 $log->error( "MFN $mfn validation error:\n",
411                                                         dump( $errors )
412                                                 );
413                                         }
414                                 }
415
416                                 my $ds_config = dclone($db_config);
417
418                                 # default values -> database key
419                                 $ds_config->{_} = $database;
420
421                                 # current mfn
422                                 $ds_config->{_mfn} = $mfn;
423
424                                 # attach current input
425                                 $ds_config->{input} = $input;
426
427                                 my $ds = WebPAC::Normalize::data_structure(
428                                         row => $row,
429                                         rules => $rules,
430                                         lookup => $lookup ? $lookup->lookup_hash : undef,
431                                         config => $ds_config,
432                                         marc_encoding => 'utf-8',
433                                 );
434
435                                 $db->save_ds(
436                                         id => $mfn,
437                                         ds => $ds,
438                                         prefix => $input->{name},
439                                 ) if ($ds && !$stats);
440
441                                 $indexer->add(
442                                         id => $input->{name} . "/" . $mfn,
443                                         ds => $ds,
444                                         type => $config->{$use_indexer}->{type},
445                                 ) if ($indexer && $ds);
446
447                                 if ($marc) {
448                                         my $i = 0;
449
450                                         while (my $fields = WebPAC::Normalize::_get_marc_fields( fetch_next => 1 ) ) {
451                                                 $marc->add(
452                                                         id => $mfn . ( $i ? "/$i" : '' ),
453                                                         fields => $fields,
454                                                         leader => WebPAC::Normalize::marc_leader(),
455                                                         row => $row,
456                                                 );
457                                                 $i++;
458                                         }
459
460                                         $log->info("Created $i instances of MFN $mfn\n") if ($i > 1);
461                                 }
462
463                                 $total_rows++;
464                         }
465
466                         if ($validate && defined($validate->all_errors)) {
467                                 my $validate_errors = $validate->all_errors;
468
469                                 $log->info("validation errors:\n", dump( $validate_errors ) );
470                         }
471
472                         $log->info("statistics of fields usage:\n", $input_db->stats) if ($stats);
473
474                         # close MARC file
475                         $marc->finish if ($marc);
476
477                 }
478
479         }
480
481         eval { $indexer->finish } if ($indexer && $indexer->can('finish'));
482
483         my $dt = time() - $start_t;
484         $log->info("$total_rows records ", $indexer ? "indexed " : "",
485                 sprintf("in %.2f sec [%.2f rec/sec]",
486                         $dt, ($total_rows / $dt)
487                 )
488         );
489
490
491         # end forked process
492         if ($parallel) {
493                 $log->info("parallel process $$ finished");
494                 exit(0);
495         }
496
497 }
498
499 if ($parallel) {
500         # wait all children to finish
501         sleep(1) while wait != -1;
502         $log->info("all parallel processes finished");
503 }
504
505 #
506 # handle links or merge after indexing
507 #
508
509 if ($merge) {
510         print $estcmd_fh 'sudo /etc/init.d/hyperestraier start',$/;
511         close($estcmd_fh);
512         chmod 0700, $estcmd_path || $log->warn("can't chmod 0700 $estcmd_path: $!");
513         system $estcmd_path;
514 } else {
515         foreach my $link (@links) {
516                 $log->logdie("coderef in link ", Dumper($link), " is ", ref($link), " and not CODE") unless (ref($link) eq 'CODE');
517                 $link->();
518         }
519 }